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拯救你那些富集不到结果的基因数据整理 因为这个是我学生的真实数据，所以就不方便放出来给大家做示例文件了，可以只看代码，或者拿自己的数据练练手。 975个基因做不出GO富集，我的第一反应是孩子学艺不精，然...
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使用R语言rstatix包进行ANOVA并自动两两比较可视化关于单因素方差分析，网上有很多方法，比如使用R语言进行单因素方差分析以及结果可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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Linux 安装和卸载miniconda3
一、安装miniconda3 1. miniconda3 下载并安装 换到安装位置（一般为主目录~）， 从中科大镜像下载最新的miniconda3，bash启动安装，一直en...
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更新AnnotationHub对应数据库
最近在使用AnnotationHub下载Orgdb数据时遇到了一个问题，使用模块更新数据后发现日期停留在了2018年，数据没有更新。现在很多分析依赖数据库数据，如果不更新，分...
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GWAS全基因组关联分析工具GAPIT最新版的安装教程与报错解决方案GWAS工具GAPIT最新版 本篇笔记主要内容是GWAS分析软件GAPIT最新版的安装和使用教程，包括常见的报错以及解决方案，主要出错位置在LDheatmap、stringi...
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GWAS笔记4-LDSC为什么要做LDSC 通过GWAS分析可以识别到与表型相关的SNP位点，然而严格来讲，这个结果并不一定真实客观的描述遗传因素对表型的效应，因为其结果是由以下两个因素共同构成的：...
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GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAV...
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【脚本搬运工】convert gbff to gff/fasta
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。...
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Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png ...
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2022-12-14使用bedtools进行gwas基因注释GWAS分析中，找到显著性SNP，需要注释，才能找到候选的基因。 什么是注释呢？我们知道，GWAS的依据是snp与控制性状的基因处于LD状态，所以，我们才能推断显著性的SNP...
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GWAS提取显著位点信息提取位点，要确定显著SNP上下游多长，来查找基因，这就需要计算LD衰减距离：LD衰减图绘制，然后根据上下游去和gff文件合并，把区间内的基因找到，这就找到目标基因了。 下面，...
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多年多点的表型处理表型值处理BLUP和BLUE值当有多个年份和多个地点的表型值之后，基因型只有一套，这时如果用来做GWAS的时候，就需要对表型值进行重新计算。多年多点的表型值用于GWAS分析前，一般有以下三种方式供预处理表...
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R-tidyverse系列-stringr字符处理stringr字符处理 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/2e5063407d83]dplyr表格操作 - 简书 (j...
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