懦夫把困难举在头顶，英雄把困难踩在脚下
发简信
IP属地：青海
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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单细胞分析｜映射和注释查询数据集reference映射简介 在本文中，我们首先构建一个reference，然后演示如何利用该reference来注释新的查询数据集。生成后，该reference可用于通过ce...
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Seurat4.0系列教程15：映射和注释查询数据集单细胞参考映射简介 在此教程中，我们首先构建一个整合的参考集，然后演示如何利用此参考集来注释新的查询数据集。生成参考集可以参考该文[https://satijalab.org...
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单细胞之轨迹分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞之轨迹分析-3：monocle3轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
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免疫组化原理、流程及结果分析免疫组化原理免疫组化染色是用一抗与被检测组织中目的蛋白抗原结合，然后用HRP等标记的二抗与一抗进行结合，最后通过与DAB显色剂反应，进而确认所要检测蛋白抗原的定位、半定量等目...
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零代码——使用GEO2R进行差异分析本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处 今天要给大家分享一个实用的差异分析工具——GEO2R。不需要语言基础，直接点点点就可以完成。 GEO2R是GEO数据库中的一个在...
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强强联合的基因ID转换刘小泽写于2020.5.28Ensemble转Symbol其实不是这么简单，问题百出，需要留意 0 今天遇到一个需求，先来看看 有这样的四个文件，每个文件中都有两列Ensem...
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第7章：T细胞受体(TCR)概述2021-04-17导 读 本章介绍T细胞的抗原识别分子，即T细胞受体（TCR）。上图概述了TCR组装的主要步骤。如第2章所述，TCRs识别肽抗原有一个必要条件，那就是该抗原需要由自身主要组织相...
