Dsuite据说是相较于其他相似软件，占用的资源很少，这就给了我在自己服务器上操作的空间。官网：https://github.com/millanek/Dsuite[http...
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Dsuite的使用 -
TOOL:Dsuite--基因渗入分析工具
看2020年新发表的文章[http://engine.scichina.com/doi/10.1360/SSV-2020-0126]，把基因渐渗工具分为几类。 第一类基于种间...
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检测选择信号/位点本文主要介绍hapFLK(FLK统计量)、LEA软件包(LFMM模型)和PCADAPT软件如何检测选择信号 总体的思想就是通过这几款软件、不同的算法计算出每一个位点的z-sc...
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从群体基因组数据推断祖先
最近看了一篇综述，粗略翻译一下文献：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
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2023-03-21 | 渗入片段检测——Loter
渗入片段检测（单倍型）基因组上的哪些片段是通过基因交流获得的以及它们的生物学功能 ●适应性基因渗透包含两个过程：基因渗透和适应。●基因渗透是指遗传成分从一个群体通过有性生殖的...
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GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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Linux中pong 的安装和使用引言 pong可用于admixture结果可视化 官方网址：GitHub - ramachandran-lab/pong: Fast analysis and visuali...
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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DRAGEN: 硬件和软件共同加速的变异检测工具
这是一篇工具介绍贴，考虑这个工具是要钱的，那些动不动就说别人忘了初心的用户肯定认为我写的是软文，所以这些人就不要继续往下看了。 变异检测的软件目前虽然有很多，SAMtools...
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群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”写在前面 终于到了这一天，我又捡起了七八年做群体分析的技能....只是那会我画图就用 ggplot2，而现在我只用「TBtools」。基于重测序数据的群体结构分析，很多时候，...
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遗传多样性软件 CLUMPAK 使用说明CLUMPAK是一个perl脚本，需要提前按照说明书使用cpanm或conda安装所需模块官网[http://clumpak.tau.ac.il/index.html] st...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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Tips | 基于物种科学双名列表获取物种进化树（带推测的演化时间）~Emmm，相关推文前述邀请了朋友写过，不过今天老邱问我能不能优化一下 TBtools 的进化树解析功能时，我还是看了一下，发现，用「TimeTree」网站，基于物种双名获取一...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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【群体遗传】选择信号分析-Fst、Pi1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
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Ks值用TBtools计算不出来？讲一个故事Ka，Ks（或Dn，Ds），这两个值以及他们的比值分别被赋予了一定的生物学意义。其中最为常用的是两者的比值，存在这么一种常见认知： ka/ks>>1 正选择 ka/ks~1 ...
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高速！大规模 (10w+) 基因对 Ka/Ks 计算工具 - TBtools写在前面 目前还是在继续整一些擦边“比较基因组”的工具。前段时间停下来，原因只有一个：我发现 TBtools 的Simple Ka/Ks Calculator 速度确实不够快...
