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新版TCGA的突变SNP数据下载和整理关于TCGAbiolinks包的学习前面一共介绍了5篇推文。 今天继续学习如何使用TCGAbiolinks下载和整理MAF格式的突变数据。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息
转自“医学统计园”微信公众号。 读入clinical.json文件 计算文件长度n，在这里n为348 初始化变量 利用一个for循环由json文件中提取信息 将提取的信息做成...
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ssGSEA 与CIBERSORT分析--肿瘤免疫浸润分析背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之间的区别？ 从输入的表达矩阵入手1. GSEA的输入矩阵：差异表达分析后得到的矩阵！一列基因名/ENTREZ ...
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GO、KEGG、GSVA、GSEA | 多种富集方法该如何选择
我个人看法，不一定对哈，首先，GSEA和GSVA不是一回事，不能放在一起说。 GSVA主要是通过感兴趣的基因集来划分样本，有样本基因表达谱和一个感兴趣的基因集的情况下选GSV...
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从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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WGCNA基础概念WGCNA基础概念 加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统...
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2022年，鱼跃龙门！积极主动，逆天改命！
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【单细胞转录组 实战】十、复现文章数据——scater、monocle Package这里是佳奥，我们继续复现文章数据。 1 scater Package 2 monocle Package 参考代码： 有50%的基因只在低于20个细胞中有表达量，还有许多没有...
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这里是佳奥<br><br>有疑问欢迎email或yuque平台<br><br>专注多组学挖掘基因，以及非模式植物的下游注释以及可视化工作
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原创】R语言实战：read cou...
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Rstudio中转换R版本后，如何调用R包今天遇到一个非常棘手的问题，在用BiocManager安装一个R包clusterProfiler时，需要我把R包更新到4.0以上的版本。 好吧，那我安装了R版本也在Rstud...
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简书不再更新了。
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决定用四年的时间记录自己的成长；<br>女孩子也可以努力的很漂亮；<br>喜欢的东西都很贵，所以要加油呀。<br>VX公共号：学生菌口替代表
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