使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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利用3D-DNA挂载基因组 -
Linux下source ~/.bashrc的含义
source ~/.bashrc 其中~代表当前用户的主目录。普通用户就是/home，root用户就是/root。想要具体看当前用户的主目录，可以通过以下方式： cd ~ p...
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误删/清空.bashrc文件/内容误删.bashr或者清空.bashrc怎么办 遇到这种情况不要慌，问题不大，不要乱操作，赶紧百度。 今天我本想追加一个环境变量。然后呢，少了个>，$PATH我用了下面类似这命...
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Linux下profile和bashrc区别
1./etc/profile用来设置系统环境参数，比如$PATH. 这里面的环境变量是对系统内所有用户生效的。 2./etc/bashrc这个文件设置系统bash shell...
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软件7 —— bowtie和bowtie2
一、 基本介绍 (1) DNA-seq和RNA-seq 基因组测序（DNA-seq）和转录组测序（mRNA-seq）的区别在于，真核生物的RNA经过剪接后，序列与DNA序列...
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基于blast进行GO功能注释
目前GO注释主要分为两种方法，其一，序列相似性即blast，其二，结构域相似性比对（InterProsScan），该方法在前面也提及过，本文就blast进行简要概述 所需文件...
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hisat2比对软件将reads比对到参考基因组
转载：https://biozx.top/hisat2.html[https://biozx.top/hisat2.html] HISAT2是TopHat2/Bowti2的继...
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转录组组装新方法 - HISAT, StringTie and Ballgown最近在做转录组数据分析，看到了nature protocol上8月11最新发的转录组分析新流程的文章，拿出来和大家分享，自己也准备好好研究研究，希望对自己以后的分析有所帮助。...
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HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据
HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下： 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成b...
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基因注释：PASA生成用于training的转录组文件
1.安装依赖项 1.1 gmap 1.2 blat 2.安装PASA 3.运行PASA pipeline 输入文件：●基因组序列：genome.fasta●Trinity组装...
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多物种无参Trinity组装 | awk样本列表
组装策略 适用于设计多样本多物种的组装。例如100个样本，10个物种。这里如果想直接完成10个de nove组装，需要将所有样本数据放到一起后，通过样本信息表声明每个样本的物...
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基因注释：MAKER全记录（参照徐洲更老师）
MAKER 目前支持 🔹SNAP (效果好、易于训练，但在长内含子的基因组上表现不如其他软件）🔹Augustus (效果好、训练麻烦但提升效果好)🔹GeneMark (自我训...
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基因结构注释（3）：转录组预测
对于RNA-seq数据，有两种使用策略，一种是使用HISAT2 + StringTie先比对再组装, 一种是从头组装，然后使用PASA将转录本比对到基因组上。在本篇教程中，只...
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基因结构注释（2）：同源注释同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号、基因起始和终止密码子对基因结...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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基因结构注释（4）：整合预测结果参考链接 如何对基因组进行注释[https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a] 从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集...
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「基因组注释」构建重复序列数据库
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和LTR，先根据其结构特征进行注...
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利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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RepeatModeler+RepeatMasker的安装与使用一：RepeatMasker安装 在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1...