呆子宝儿姐 - 简书

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比较基因组学-Orthofinder3
1.介绍 OrthoFinder用于鉴定直系同源基因群(orthogroups)、推断基因树和物种树，在此基础上推断基因复制事件并生成大量的统计...

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基因组组装评估-CRAQ
1.介绍 CRAQ(Clipping Reveals Assembly Quality)是一款无需参考基因组的组装质量评估工具。它通过分析序列比...

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基因组注释-重复序列注释
1.介绍 Hite是一款基于python开发的专注于基因组中高精度检测和注释全长转座元件(full-length TEs)的生物信息学软件。相比...

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祖先染色体重构软件-odp
1.介绍 Odp是一种基于蛋白的共线性分析软件，用于比较两个或多个物种之间染色体的进化。主要功能包括：(1)绘制两个基因组之间的共线性(点图或者...

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不完全谱系分选和基因渗入-PhyloNetworks
1.简介 Julia是一个编程语言，PhyloNetworks、PhyloPlots、SNaQ、PhyloTraits都是Julia的一个包，用...

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不完全谱系分选和基因渗入-Hyde
1.简介 HyDe使用系统发育不变量检测系统发育数据集中的杂交，主要通过python包Phyde对三元组分类群进行假设检验，以检测杂交。 2.安...

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不完全谱系分选和基因渗入-Phylonet
1.简介 PhyloNet 是一款专注于分析和重建网状进化关系(非树状结构)的生物信息学工具，主要用于研究物种演化过程中因杂交、水平基因转移(H...

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不完全谱系分选和基因渗入-Quibl
1.简介 QuIBL(Quantifying Introgression via Branch Lengths)通过基因树内部枝长分布统计分析来...

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多基因组共线性分析-ntsynt
1.简介 ntsynt是一个用于多个全基因组比对并识别共线块的工具，它的核心思路是通过利用minimizers和graph-based方法来识别...

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