1.复制5.4里面的python脚本，命名为Snakefile。如果是自己构建的祖先连锁群的库，配置Snakefile需要的python包和hmmer环境，运行snakemake -j 30即可；
2.识别：如果是自己构建库，运行1步骤后，再运行一遍odp_rbh_to_ribbon，程序会根据/path/odp/LG_db/构建的库自行匹配和上色。
3.条带图和点阵图是两个独立的东西，step2-figures/synteny_coloredby_BCnS_LGs/这个点阵图已经根据BCnS的祖先染色体库对你的研究物种上色了，条带图不需要点阵图的这个结果。
祖先染色体重构软件-odp1.介绍 Odp是一种基于蛋白的共线性分析软件，用于比较两个或多个物种之间染色体的进化。主要功能包括：(1)绘制两个基因组之间的共线性(点图或者条带图均可)(2)利用染色体共...
1.介绍 OrthoFinder用于鉴定直系同源基因群(orthogroups)、推断基因树和物种树，在此基础上推断基因复制事件并生成大量的统计文件。 2.安装 3.使用 3...
1.介绍 CRAQ(Clipping Reveals Assembly Quality)是一款无需参考基因组的组装质量评估工具。它通过分析序列比对中的剪切信号(clippin...
1.介绍 Hite是一款基于python开发的专注于基因组中高精度检测和注释全长转座元件(full-length TEs)的生物信息学软件。相比于RepeatModeler、...
1.介绍 Odp是一种基于蛋白的共线性分析软件，用于比较两个或多个物种之间染色体的进化。主要功能包括：(1)绘制两个基因组之间的共线性(点图或者条带图均可)(2)利用染色体共...
1.简介 Julia是一个编程语言，PhyloNetworks、PhyloPlots、SNaQ、PhyloTraits都是Julia的一个包，用于实现不同的功能。PhyloN...
1.简介 HyDe使用系统发育不变量检测系统发育数据集中的杂交，主要通过python包Phyde对三元组分类群进行假设检验，以检测杂交。 2.安装 2.1 配置环境 3.输入...
1.简介 PhyloNet 是一款专注于分析和重建网状进化关系(非树状结构)的生物信息学工具，主要用于研究物种演化过程中因杂交、水平基因转移(HGT)或不完全谱系分选(ILS...
1.简介 QuIBL(Quantifying Introgression via Branch Lengths)通过基因树内部枝长分布统计分析来解析系统发育树中的基因渐渗事件...
1.简介 ntsynt是一个用于多个全基因组比对并识别共线块的工具，它的核心思路是通过利用minimizers和graph-based方法来识别基因组间的共线块，核心步骤如下...
1.介绍 Merqury是一款基于k-mer数据集评估无参考基因组的方法。对于trios，Merqury还可以评估特定单倍型的准确性、完整性、相位块连续性以及相位切换错位(s...
1.介绍 ANGES是一个基于python2.7搭建的流程，旨在从现存基因组中的保守基因组片段中重构祖先基因组图谱。它的输入文件最少是：一个标记了祖先节点的物种树和一组在现存...
1.介绍 AGORA是“Algorithm for Gene Order Reconstruction in Ancestors”的简称，该软件能够以物种树、每个物种的基因集...