作者，Evil Genius 疫情真的是严重啊，北京健康宝继续弹窗，但是，不影响大家好好看文献，做科研。 在上一篇文章单细胞多组学整合分析方法讨论[https://www.j...
IP属地：上海
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单细胞多组学（scRNA + scATAC或者snRNA + snATAC）联合分析的ATAC分析部分的解读 -
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10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）hello，今天我们来分享一个更加完善的单细胞轨迹分析的软件，cellrank，文章在CellRank for directed single-cell fate mappi...
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请教一下，bam文件不用sort一下吗？
RNA velocity处理流程
关于RNA velocity RNA velocity介绍[https://www.jianshu.com/p/70c19748ac1a] RNA速率，即基因表达状态的时间导...
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用samtools那一行代码，$id是为了做什么呢？
基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程
参考资料：参考生物技能树[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官网Tutorial[https...
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@Hayley笔记 include_spatial_info_sender和receiver都设为F吗？
单细胞分析之细胞交互-6：NicheNet使用的常见问题汇总
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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CytoTRACE 原理及代码解释CytoTRACE是一款基于单细胞计数矩阵推测细胞间活性和细胞间相对分化状态的一款软件，这里我们结合实际代码例子，解释CytoTRACE的数学原理： step 1:这一步先将...
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我觉得少于200个genes的被过滤掉也无所谓。。。上皮细胞还不到200个gene也确实不大行
解决copyKAT会自动过滤细胞的重大坑爹问题
我选好了细胞拿去推断你再给我过滤一遍 吃掉了我一部分细胞。。。还不能设置参数取消过滤坑爹的R包千篇一律，被迫debug的少年万中无一。我把你过滤的源码注释掉即可。这样既可以保...
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但是liger没人用吗
单细胞多组学整合分析方法讨论
作者，Evil Genius 周一了，这一篇我们来讨论关于单细胞 + ATAC多样本、多组学整合分析的方法。 分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外...
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总结的不错
单细胞多组学整合分析方法讨论
作者，Evil Genius 周一了，这一篇我们来讨论关于单细胞 + ATAC多样本、多组学整合分析的方法。 分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外...
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一个很常见的问题，没有空间数据也得跑那个流程，要不然就报错……
单细胞分析之细胞交互-6：NicheNet使用的常见问题汇总
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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评估代谢物丰度那一步没找到表达的代谢物，下一步计算通讯算不出来P值报错，有办法解决吗，老铁
10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯
六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年...
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第7步一直报错，proportionate 那一步，说是dplyr 中autocopy 错误
单细胞分析之细胞交互-5：NicheNet多组间互作比较
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
