现在纯做转录组想发个文章已经越来越卷了，而且好多期刊已经明确规定了要加实验，对临床gou特别不友好。那么有没有不用做实验还可以发高分的文章呢？答案很明确，是有的，我可以列出一...
发简信
IP属地：北京
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想不做实验发高分SCI？来学QTL吧 -
STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，...
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06高通量测序-RPKM,FPKM,and TPMRPKM,FPKM,and TPM RNA-seq标准 我们过去使用RPKM(Reads Per Kilobase Million)或FPKM(Fragments Per K...
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单细胞测序-scRNA的测序基础单细胞测序(single-cell sequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题...
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为什么说FPKM和RPKM都错了？
这本是三年多之前我发在公众号上的一篇旧文，一些偶然的机会，发现不少朋友也在讨论这个问题，因此我重新做了梳理并发出来。这样的讨论是有益的，放在今天也不过时，我也愿意和更多的朋友...
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今天教你绘制信号通路！
人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装。前两天看到隔壁师姐用ps绘制通路图，脸上只有大写的“为难”二字！现在的科研狗们，不仅要会做实验，还要学会把成果美美的展现出来。 但是要靠自...
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生物信息学数据库分类概览 (第一版)
生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库，并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效...
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生信 / 数据库 / 分类整理
生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库，并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效...
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三月week1文献阅读（上）:Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profiler,GSEA,C...三月week1文献阅读： Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profile...
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ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别1. 首先查看KEGG数据库 PI3K-AKT signaling pathway gene set 详细说明查看如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural...
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没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大
之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还...
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分享科研知识，解读经典论文。
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如何利用网络图给自己转录组数据的文章添彩
自己只做了几个样本的RNAseq测序或芯片，发愁文章里没有什么绚丽的图片可放？别着急，我们可以把差异分析的基因拿来做基因共表达网络分析，通过绘制网络图来给自己的文章增加一点色...
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Analyzing RNA-seq data with DESeq2（一）
之前和毕业师姐一起做差异基因分析的时候用到过DESeq2，但一直没有系统的学习过很多地方都不懂，所以从今天开始打算在课题之余把官方文档中差异分析部分系统学习一遍。 本文完全用...
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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用pathview包给KEGG pathway涂色
前几天有个客户给过来一个需求，简单说就是一堆基因列表附带数值，需要将其按照数值不同涂色在KEGG pathway上。 这个活儿我还真没干过，记得KEGG官网上有工具，去看了...
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R语言 | 用image函数绘制热图heatmapR语言中绘制热图heatmap的包（package）有很多，除了许多炫酷的第三方包外，系统自带的image函数使用起来也十分方便灵活。 1.主要绘制参数 2.绘制常规heat...
