英阙诗汀

1.增 2.删 3.查 4.改 5.读取，写入数据

英阙诗汀

您好，请问您关注过 -f BAMPE参数吗？使用这个参数和只设置 --nomnodel结果有什么差异吗？这两个应该都不建模型。BEDPE or BAMPE
A special mode will be triggered while the format is specified as BAMPE or BEDPE. In this way, MACS2 will process the BAM or BED files as paired-end data. Instead of building a bimodal distribution of plus and minus strand reads to predict fragment size, MACS2 will use actual insert sizes of pairs of reads to build fragment pileup.

The BAMPE format is just a BAM format containing paired-end alignment information, such as those from BWA or BOWTIE.

生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析

写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...

生信卷王

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英阙诗汀

您好，统计基因密度的时候gff3的$4需不需要减1 和bed格式统一？

生信 | circos文件准备大全（以拟南芥为例）

一、写在前面 扣扣群：559758504（目前无需验证，一键即可加入） 如果你不想学，老板又催着要，你可以加群私聊我寻求帮助( $ _ $ )，但还是自己学，知识都是自己的。...

生信卷王

13591 11 55 1

英阙诗汀

@jijitoutou 谢谢提醒。edgeR和DEseq2找DEG都是用count的，只是以前画图的时候纠结用哪个log2

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

如何看GSEA图：https://zhuanlan.zhihu.com/p/636390497[https://zhuanlan.zhihu.com/p/636390497]...

Li_bioinfo

14140 15 62

英阙诗汀

@小潤澤 是不是和WGCNA一样，样本总数低于20个样本的不稳定，意义不大呀？ 16个样本..........

MEGENA原理

前言 MEGENA是一种基于图嵌入的方式构建基因共表达网络的工具，相比较于WGCNA的权重分析，MEGENA直接用图对嵌入来完成，因此更加接近于真实情况 MEGENA理论 O...

小潤澤

6750 14 24 1

英阙诗汀

哇塞，谢谢作者回复！

MEGENA原理

前言 MEGENA是一种基于图嵌入的方式构建基因共表达网络的工具，相比较于WGCNA的权重分析，MEGENA直接用图对嵌入来完成，因此更加接近于真实情况 MEGENA理论 O...

小潤澤

6750 14 24 1

英阙诗汀

请问必须是配对样本吗？不同发育时间点的表达谱数据而且重复数不一样的可以用MEGENA吗？

MEGENA原理

前言 MEGENA是一种基于图嵌入的方式构建基因共表达网络的工具，相比较于WGCNA的权重分析，MEGENA直接用图对嵌入来完成，因此更加接近于真实情况 MEGENA理论 O...

小潤澤

6750 14 24 1