一、PWM与PFM的介绍 motif指的是转录因子偏好结合的DNA序列模式或RNA结合蛋白偏好结合的序列模式，一般使用PWM来表示motif。 制作PWM的过程如下： 首先计...
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R语言-制作motif的PWM -
一文读懂比较基因组学
随着基因组测序爆炸性增长，比较基因组学已逐渐成为每个物种尤其是首次被破译基因组的物种的必备研究内容之一。那么什么是比较基因组学呢？比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之...
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单拷贝直系同源基因构建物种进化树最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师...
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gffcompare的使用说明参考文献：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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基因共表达网络分析-WGCNA
今天推荐给大家一个R包WGCNA，针对我们的表达谱数据进行分析。 简单介绍：WGCNA首先假定基因网络服从无尺度分布，并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数，然后计...
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基因家族分析（1）数据准备及软件安装基因组数据的准备 进行全基因水平的基因家族鉴定之前，需要准备好一套基因组数据，基因组数据可以从公共数据库下载，也可以根据基因组文献提供的地址到指定网站进行下载。一套完整的数据...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习[https://www.jian...
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多顺反子：IRES和2A Peptides
单顺反子（monocistron）:真核基因转录产物为单顺反子，即一个基因编码一条多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件。 多顺反子（polycistronicmRN...
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群体遗传学习笔记-基础知识
群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠...
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FPKM/RPKM都是错的，那还有哪些标准化方法目录 1. 标准化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6....
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RNA seq 标准化 不同方式
Normalization 差异基因分析工作流程的第一步是计数归一化，这对于准确比较样品之间的基因表达是必需的。 RNA-Seq（RNA测序的缩写）是一种实验类型，可让我们测...
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【群体遗传学】1.0群体遗传学简介进化开始于一个个体的一条染色体上的一个突变。分子群体遗传学研究的是这些突变在群体中频率的升高或降低。许多进化力量能够通过群体来加速或减缓这些突变的传递。通过个体间分子突变的模...
