1 什么是R语言R语言是一个开源的数据分析环境,起初是由数位统计学家建立起来,以更好的进行统计计算和绘图,这篇wiki中包含了一些基本情况的介绍。由于R可以通过安装扩展包(P...
又复习了grep、sed和awk三剑客,记下有用的点 grep 精确匹配,需要加上\> 显示行号:-n;统计次数:-c;最多匹配次数:-m 匹配一个或多个空格字符开头 gre...
第三章 微生物组学数据库和工具资源 微生物组学相关研究项目: 人类微生物组计划(Human microbiome project , HMP)目标是获得人类宏基因组测序数据,...
上次我们已经使用R语言来对OTU表的抽平分析,那么我们如何使用抽平后的OTU表来重新计算Alpha多样性呢?接下来我们就来学习一下。 不过你可能会说,这个不是测序公司都计算好...
1.创建工作目录,在工作目录下存放公司处理完成的 cleandata 数据 2.在 cleandata的目录下添加样本单 manifest.txt,里面存放样本名和样本绝对路...
写在前面 绝大多数生物信息学分析软件只接受制表符(即键盘上的 Tab)分隔的文本文件。而日常表格处理时,我们常常会使用 Excel 等软件,对应使用的是 二进制的 .xlsx...
细菌域 1.候选门级辐射类群Candidate Phyla Radiation 01. 维尔特菌门Wirthbacteria 02. 多伊卡菌门Dojkabacteria 0...
本次笔记内容:qiime2-2019.1的16s分析流程,以没有barcode,以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16S rRNA数据分析小...