发简信
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你好，我也在使用ragtag组装一个二倍体基因组，它有一个近源物种作为参靠基因组，同时测了Hic数据，scaffold之后利用Hic去merge比对的scaffold一直报错，不知道如何merge，我是这么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的问题，十分感谢！ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的问题，十分感谢！
RagTag, 快速锚定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一个升级，可对cont...
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你好，我也在使用ragtag组装一个二倍体基因组，它有一个近源物种作为参靠基因组，同时测了Hic数据，scaffold之后利用Hic去merge比对的scaffold一直报错，不知道如何merge，我是这么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的问题，十分感谢！
将./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta 换成contig.fasta也不对！！！！谁知道怎么办吗使用RaGOO进行基因组辅助组装
将染色体从contig/scaffold水平提升到chromosome水平是组装的最终目标。我们通常使用遗传图谱，光学图谱，HiC这些技术提供的信息将contig进行排序连接...
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问了软件开发者malonge，他是这么说的So I will first comment on the original error: ValueError: Input AGPs do not have the same set of components
In order to use merge,the AGPs file must contain the same set of components. In other words, the AGP files must be ordering and orienting the exact same set of sequences. So to address this, just scaffold the exact same assembly twice instead of correcting the assembly for one of the runs. Or you can correct the assembly and then use those corrected sequences for both scaffolding runs.
就还是不清楚Hic和比对scaffold的哪个输出文件merge，怎么merge。基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
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你好，我也在使用ragtag组装一个二倍体基因组，它有一个近源物种作为参靠基因组，同时测了Hic数据，scaffold之后利用Hic去merge比对的scaffold一直报错，不知道如何merge，我是这么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的问题，十分感谢！
基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
