[TOC] 安装环境 Ubuntu18.10ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Linux64 安装过程 1、从https://www.niehs...
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ART的安装和简单使用
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linux系统（centos）挂载新盘的方法首先执行： 来查询新盘所在的设备名称 这里我们要挂载的盘在sda，如果是新盘需要先格式化，否则会挂载失败：未格式化的时候会显示如下报错信息： 格式化操作如下： 格式化过程中会...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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三大经典在线生存分析工具测评导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
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vmware网络中断解决办法
虚拟机内部的网络经常会中断并且无法连接，重启了vmware和虚拟机都不管用，但是重启主机会恢复后来发现不需要重启主机，方法：搜索“services.msc”，然后以管理员身份...
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🤔 Reticulate | 如何在Rstudio中优雅地调用Python！？写在前面 最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。🫠于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。 👀 这里和大...
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分泌蛋白基因列表下载1. 数据下载 在读Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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R 数据可视化 —— circlize chordDiagram 高级用法前言 默认风格的 chordDiagram() 已经可以满足大部分需求了，下面我们介绍一些更高级别的图形配置 使用 1. 轨迹的排布 chordDiagram() 函数默认会...
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RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
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深度学习的GPU相关配置
要在GPU上使用Python运行Keras中的LSTM算法，你需要确保几个关键的组件已经正确安装和配置在你的环境中。这包括安装支持GPU的TensorFlow版本（Keras...
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[R Tips] 多个向量取交集
假如有 3 个基因列表存储在 R 的向量，此时 intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 个基因列表呢？ 9 层嵌套 inter...
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单细胞分析中机器学习的使用
可选模型： 机器学习模型 随机森林（Random Forest） - 一个经典的集成学习模型，适用于处理高维数据，能够处理单细胞表达数据的复杂性。 支持向量机（Support...
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盘一盘画相关性热图的几种方式R可视化相关性矩阵的几种方案 R中相关性矩阵的可视化解决方法在已经有很多了，我们在这里总结一些常用的都有哪些： ggplot2包 corrplot包 热图包(pheatmap...
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Seurat Weekly NO.17 || 一个R包的CNS之路seurat发展历史，cns之路 在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。至于这个用来分析单细胞多组学的工具为什么叫这个名字，我想，与它问...
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配置GitHub远程仓库 & 一些常用命令
本文为在新建立的docker中配置github仓库的流程。首先保证系统中已经安装了git。 1. 账户配置 之后一路enter下去，生成密钥。进入wrj_rstudio的家目...
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plotly for R简介 交互式绘图工具, 提供python, R, js接口, 以R接口为例 api类似, 需要注意在参数中涉及子项的在R中使用列表, 在python中使用字典 支持管道符操作...
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三维点图和三维PCA图3dscatter 1.ggplot2画三维点图 很轻松找到了R包，然鹅不是很完美的样子。 2.scatterplot3d 一个不属于ggplot2体系的特立独行的R包，画起...