发简信
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学习笔记目录开个帖子整理一下自己的生信学习笔记目录，方便日后查看：最近更新：2022.07.03 bulk RNA-seq: 实战系列: RNA-seq入门...
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2026版ATAC-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据...
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SCI绘图革命：扔掉GraphPad，用R绘出可编辑的箱线图与散点图你是不是也觉得—— GraphPad很好用，但一到组图排版、配色微调、个性化注释，就开始头疼。更别提正版软件的付费提醒时不时弹出来，实验室还只有...
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2026版RNA-seq入门实战（十一）：2026版WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树...
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2026版RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用本节概览：1. Cytoscape 软件基本介绍2. 数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3. PPI网络图绘制：➀选取部分节点展...
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2026版RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRING R语言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_...
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数据清洗的艺术：dplyr五大金刚函数，帮你省下80%的Excel时间
你是不是也这样—— 拿到一个RNA-seq表达矩阵，想干几件再正常不过的事： ——只要p值小于0.05的基因； ——按表达量从高到低排个序； —...
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2026版RNA-seq入门实战（八）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clus...
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2026版RNA-seq入门实战（七）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG...