轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞之轨迹分析-3：monocle3 -
无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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Fastqc用腻了，来试下这个R包吧
平时拿到数据后首先要进行质控环节，其中FastaQC软件的使用最为广泛，它可以为每一个样品生成一个html报告和一个‘zip’ 文件，zip解压之后生成fastqc_data...
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如何从一条mRNA序列得到对应的蛋白这是一篇拖了一个月的稿子。我要晒出事情始末。 初见，因为一句话被吐槽8遍 其实我是10月13号刚认识果子师兄，他来北京做线下培训，我就去凑热闹了。北京那几天比较冷，我好心提醒...
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cell ranger分析结果详细解读
欢迎关注”生信修炼手册”! cell ranger输出结果目录结构如下所示 输出文件非常的多，为了方便查看结果，提供了一个所有结果汇总的html页面，即web_summary...
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10X单细胞测序分析软件:Cell ranger单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
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如何快速查找物种间对应的同源基因有时候，大家做实验以小鼠为模型，但希望查看与之对应的人同源基因。像这种情况，我们可以不需要进行序列比对来查找，因为比较麻烦。使用公共数据可能更高效。 1.基于NCBI Hom...
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2020-08-28 SingleR v1.2.4单细胞自动注释软件首先SingleR属于不基于Prior Knowledge的注释方法；相对应的还有基于Prior Knowledge的方法，比如CellAssign，但两个用起来都不是很顺手...
