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目的是重复上图。 背景知识 氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在体内转化成氟脱氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的类似物，与胸苷酸合酶发生不可逆的结合，抑制其活性。另外5-FU还可以转...

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通常来说，GEO和TCGA的基因表达数据和临床数据是分开的，为了合并这两个数据，这里使用R进行操作。 基因表达数据如下： 生存数据如下： 在R中读入上述两个数据，然后使用代码...

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①高低风险组某基因表达量差异分析 ②药物敏感性分析 安装 pRRophetic 包，首先要安装它的依赖包 依赖包安装成功后，从本地安装pRRophetic压缩包 安装好之后我...

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1. 数据集介绍 由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各种数据...

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关于limma包差异分析结果的logFC解释 http://www.bio-info-trainee.com/1209.html 首先，我们要明白，limma接受的输入参数就...

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这些东西，换成是高中的我们来做，应该会笑吧，原来长大后的考验也不过如此；其实就是把差异分析结果中的logFC(fold change,limma中给出的结果经由log2处理)...

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一文看懂火山图 火山图可用于展示两组样本间基因表达水平差异的分布状况。 横轴log2 fold change差异表达倍数（Fold Change值，简称FC，根据log2 f...

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向量：一维 矩阵matrix 数据类型都相同，两个维度行数、列数。matrix生成矩阵的函数，默认按列排，按行排标by row。 给随机的东西可重复性，让每次取出来的数一样s...

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1. fasta fasta 是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 特征：2部分--id行和序...

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一 .从GEO数据库中下载表达矩阵文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt，把GSE1129...

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GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。先来观察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...

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zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...

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1. 概述 单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，主要是针对单个...

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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether a...

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之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工，再多学一点新知识~这次的笔记是生信技...