孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[https://www.jianshu.com/p/8ac31267d3d8] TwoSampleMR:两样本孟德尔随机化[ht...
第一次尝试医学统计常用的MR,我选择了比较多用的R包,TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样,这里推荐这个...
#单因素cox回归用于筛选与预后相关的免疫基因 #文件要求,带有临床生存与基因表达值的文件clinical+exp.txt #生信课视频上的代码:不知道为什么就是运行不出来,...
文件要求:正常与肿瘤组的mRNA表达量 本次前50列是正常组,后374是肿瘤样本 setwd("C:/Users/仙女/Documents/liver cancer") li...
#文件需要:所有基因的logFC数据all.txt,所有基因的表达量数据allExp.csv,所有差异显著基因的logFC,diff_AllGene.txt,免疫基因的名字 ...
这本是三年多之前我发在公众号上的一篇旧文,一些偶然的机会,发现不少朋友也在讨论这个问题,因此我重新做了梳理并发出来。这样的讨论是有益的,放在今天也不过时,我也愿意和更多的朋友...
目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
从果子老师的从TCGA数据中提取lncRNA并进行下游分析一文中,我学到了如何从TCGA表达谱数据中提取RNA。老师的教程已经写的很详细了,我再补充一点:如何下载GTF注视文...