作者，追风少年i hello，大家好，今天这个日子相信大家都不会陌生吧，不知道有没有当年复读的童鞋，日子很快，恐怕高考之后，再也没有经历过高中那种炼狱的日子。 今天我们分享一...
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10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析之InterCellDB（推断通讯中感兴趣的生物学功能） -
Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略在Seurat，我们选择使用future框架进行并行。如果您有兴趣了解更多有关future框架的内容，请点击此处[https://cran.r-project.org/web...
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R-热图-pheatmappheatmap是绘制热图的经典R包。其中一些细节参数设置，之前每次遇到都是网上搜索。这次系统整理下常用用法，为以后绘图提供方便。 0、示例数据与R包加载 （1）模拟示例数据...
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单细胞测序GSVA基因集变异分析GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集 基因集变异分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用...
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Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向图嵌入（Reversed Graph Embedding）的机器学习算法，来对单细胞RNA-seq数据进行单细胞发育轨迹推断分析。Mono...
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Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis
差异基因表达分析是RNA-Seq实验中的常见任务，Monocle2可以帮助我们找到在不同组细胞之间差异表达的基因，并评估这些基因差异表达变化的统计学意义。 Basic Dif...
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Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells
image 在单细胞实验中，我们所取的组织样本通常是混杂有多种细胞类型的复杂混合物。解离的组织样本可能包含有两种，三种甚至许多不同的细胞类型。在这种情况下，最好使用已知的ma...
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Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一个强大的单细胞转录组数据分析工具，它引入了一个对单细胞进行排序的新方法（拟时序分析），通过利用不同细胞转录调控的异步过程，将它们沿着与生物过程（如细胞分化...
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可视化神器ggstatsplot = 绘图+统计ggstatsplot是ggplot2包的扩展，主要用于绘制可发表的图片同时标注统计学分析结果，其统计学分析结果包含统计分析的详细信息，该包对于经常需要做统计分析的科研工作者...
