一下内容完全来自徐老师的朋友圈 【网上学堂】分子植物育种和科技英语写作（徐云碧）【Online Courses】Molecular Plant Breeding and Sc...
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中国农科院徐云碧老师的一些讲座
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R语言做冗余分析（RDA）的一个简单小例子冗余分析（redundancy analysis, RDA）自己之前也听过，好像是生态学研究中用的比较多，主要是用来探索环境和一些样本指标之间的关系。最近自己在看一些群体遗传...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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核心种质筛选| 种质资源保育的好帮手种质资源是品种改良、新品种培育及遗传工程的物质基础，野生近缘品种和古老的地方品种随着长时间的自然选择及人工培育，逐渐形成独特的优良性状和抵御自然灾害的特性的新品种。种质资源越...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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2023-04-07
重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测 GATK 是 Broad 开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。本...
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2023-04-06
将二代测序短 reads 比对到参考基因组上，并进行排序和去重复 的等处理，用于后续的变异检测。 part 1 软件和数据准备 软件：bwa samtools picard ...
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群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式，定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义group 3 starting ...
