您好,qiime1中有一个脚本:extract_barcodes.py可以从序列文件中提取barcode序列,这个脚本可以获得一个包含reads的fastq和一个barcode的fastq。因为qiime2处理的混合样品,是全球基因组计划标准的,而这个标准交付的数据有三个结果,两个分别是前向和反向序列文件,一种是barcode文件。所以实际上qiime2好像不能处理barcode还在reads上的文件,所以你可以用qiime1的extract_barcodes.py将barcode提取出来,然后分别导入数据。当然之后的处理过程中记得用qiime2的命令qiime cutadapt trim-paired把引物切除。
2018-04-17宏基因组实战qiime2-201802(三)去除引物和Barcode这一步我也是走了很多弯路啊,之前没有去掉引物和barcode,所以跑程序经常断掉。 我还在论坛发了一个帖子询问https://forum.qiime2.org/t/self-...