以下内容参考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究组师妹的总结资料和MCMCTree tutorial...
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mcmctree进行分化时间的估算 -
Fst和Dxy(gpt版😀)
Fst 和 Dxy 是遗传学中用于衡量不同种群之间遗传分化的两个指标，但它们的意义和计算方式不同，因此计算结果差异很大是正常的。 1. Fst（Fixation Index）...
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生信教程：使用拓扑加权探索基因组进化（2）
使用 Twisst 探索整个基因组的进化关系的拓扑加权教程[https://github.com/simonhmartin/tutorials/blob/master/top...
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「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质...
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De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna）写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromoso...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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Hi-C辅助基因组组装原理｜主流软件导语 Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年...
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群体杂交渐渗基因流软件基因型填充 - fillGenotype - beagle 基因型填充(Genotype-Imputation)：从原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)[https:...
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【HiC挂载】3D-DNA挂载目前，用于Hi-C辅助基因组组装的软件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等，包括这2年发的hic_hiker等， 这些软件在基因组组装方面各有优劣。...
