article: 10.1186/s13059-024-03356-x, Genome Biology, 2024 challenges sparse and noisy s...
发简信
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scATAC数据分析哪家强 -
很值得读的ENS reviewArticle: 10.1038/s41583-018-0041-0, Nature Reviews Neuroscience, 2018 The article was w...
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单细胞RNA数据整合哪家强？Article: 10.1038/s41592-021-01336-8, Nature Methods, 2022 Methods benchmarked 16 popula...
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单细胞识别DEGs还是Pseudobulk方法更可靠？article: 10.1038/s41467-021-25960-2, Nature Communications, 2021 Main content establish...
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Seurat v4 与 v5 数据整合工作流的技术差异说明批次效应 是指在实验中由于不同的实验条件、操作人员、试剂批次、设备差异等非生物学因素引起的系统性差异。具体来说，在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，不同的实验批次可能...
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您好，请问你是用R studio吗，我用VScode或者jupyterLab都没有办法打开那个mini shiny application。
SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架
SPATA - SPAtial Transcriptomic Analysis : 空间转录组分析-提供了一个R函数和交互应用的工具，使空间转录数据的分析更容易。SPATA...
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@Evil_Genius 不好意思，我还是不是很懂。譬如我用scanpy处理完空间数据后得到的anndata, 怎么在这上面基础上就把自己的image数据导出来呢？或者我怎么直接读取文件夹中的图像呢？现在只有10x处理完后出来的图像
10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy
新的一年，新的开始，既然选择了前方，只顾风雨兼程。 这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy，当然了，我们主要关注10X空间转录组的分析内容...
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数据分析-2 numpy摘要什么是numpynumpy基础numpy常用方法numpy常用统计方法为什么要学习numpy：1. 快速；2. 方便；3. 科学计算的基础库 numpy是一个在Pytho...
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使用deeptools将bam文件转换为bw文件整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCove...
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请问怎么选择拟混池重复需要使用的分组啊
使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第九章)
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr在学习cellranger aggr这一步之前，还是需要再一次复习10x Genomics的测序原理。在cellranger aggr部分，官网（https://suppor...
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R ggplot2 中reorder()如何降序喜大普奔，终于解决了reorder()降序排序的问题；举例说明一下：首先我有两列数据：第一列是样品名，第二列是对应数值。 先画个简单的barplot： 如下图： 我想将x轴排...
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Cellrank：细胞分化轨迹的新秀说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...
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R语言中的full_join、inner_join、left_join和right_join连接
两个dataframe数据之间的连接关系 经常会碰到需要把两个数据进行合并，大的方向有按“列”和按"行"合并两种方式，这里主要讲下按“列”进行合并，如下图，假设有a、b两个数...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第四章)
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 第1章: ArchR基础入门 这一章将会介绍如何导入数据，如何构建Arrow文件，这是后续ArchR分...
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[scRNA-seq]doublets检测——DoubletFinder & scrublet （上）现今最常用的单细胞RNA测序技术是通过形成一个个液滴，让一个液滴内包含一个细胞，对细胞进行裂解，释放mRNA，添加barcode再逆转录成cDNA最后进行批量测序的一个过程。...
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单细胞笔记7-scRNA-seq去除批次效应的方法总结Seurat Seurat整合流程与原理 使用CCA分析将两个数据集降维到同一个低维空间，因为CCA降维之后的空间距离不是相似性而是相关性，所以相同类型与状态的细胞可以克服技...
