_linun_ - 简书

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周小钊

WGCNA学习：WGCNA分析原理
本教程根据PlantTech的WGCNA课程编写，课程还是不错的，所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA笔记第一弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实...

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WES2Neoantigen Pipeline
Part 1 Trimmomatic Trimmomatic 发表的文章至今已被引用了 2810 次，是一个广受欢迎的 Illumina 平台数据过滤工具。 Trimmoma...

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WES2Neoantigen Pipeline
Part 2 BWA 一、建立索引 $ bwa index -a bwtsw human.fa -a [is|bwtsw] : 输入构建Index的算法。is算法快速简单，是...

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WES2Neoantigen Pipeline
Part 3 Samtools view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这...

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Ecosystem
1.Tumor ecosystems are comprised of cancer cells, infiltrating immune cells, stromal ce...

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基于点突变数据预测肿瘤抗原
在本文的研究中，作者探究了患者的突变情况如何影响肿瘤的免疫原性（免疫原性是指人和动物体内一种特殊物质比如抗原或抗原表位激活免疫反应的能力），因此首先构建了pipeline由体...

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肿瘤抗原评估
肿瘤抗原癌细胞突变生成新的被免疫系统识别成非自身部分的肽链[1]。通常源于单核苷酸突变，极少部分源自多个基因变异事件。(Single mutations generate ...

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PhenoGraph聚类算法
背景&思想 PhenoGraph算法的输入是一个N X D的矩阵，把这个矩阵中的行划分到类别中，使得类别间的差异大于类别内的差异。我们的假设是，这些类别代表具有生物学意义...

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确定聚类分析中的类别个数的方法
1、 gap statistic 以k-means聚类为例，对于一个聚类个数k，首先利用k-means聚类将样本聚成k类，然后计算k类中各类内各点与类中心的距离加和W(ki)...

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