1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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单细胞数据处理小细节汇总 -
利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。TCGA...
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ggplot2极简入门一、基本思想和语法框架 基本思想：图形分层是关键，图形叠加靠+来实现 基本语法框架如下： 其中，ggplot()+geom_xxx() | stat_xxx()是ggplot...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
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你有过“自我厌恶”吗？
今天在看硕士与博士的区别时看到下面一段话： 对博士而言，最大的挑战其实是克服自我厌恶，然而在读硕士时很少会有这种情绪的体现。太多焦虑的博士，并非没有学术能力，而是无法克服这种...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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那些常用的limma操作刘小泽写于19.12.29 + 2020.1.1这一篇不扯别的，只列我认为比较重点的limma包的知识，所以代码部分可能比较多。但也会用不同的知识点来区分 前言 limma的...
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献给写作者的 Markdown 新手指南「简书」作为一款「写作软件」在诞生之初就支持了 Markdown，Markdown 是一种「电子邮件」风格的「标记语言」，我们强烈推荐所有写作者学习和掌握该语言。为什么？可以...
