关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay -
LD连锁不平衡--PopLDdecay在群体遗传学分析中，我们经常会碰到关于连锁不平衡的问题，当然计算连锁不平衡的软件有很多，包括plink2、haploview等，今天在这里给大家分享一个计算连锁不平衡的软件-...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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基因组高通量数据模拟软件本文主要基于2016年发表在『Nature Review Genetics』杂志上综述文章『A comparison of tools for the simulation ...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
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linux：转ped和map文件中遇到的error(Error: Invalid chromosome code/ERROR: Problem reading BIM file)
1、目的，把.bed .bim 和 .fam转换成 .ped 和.map (转换后原文件仍是保留的哦) 2、第一次操作：（参考：一文掌握Plink文件格式转换 - 知乎 (z...
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GWAS显著性阈值设置
Bonferroni校正P值：0.05/n，n为SNP个数。Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法，假设每次检验为独立事件，因此除以n。 《Associati...
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9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC常用的显著性阈值确定方法是：Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）...
