具体改进: 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2,此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...
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具体改进: 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2,此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...
最近在NAR上看到一篇文章: 原文网络图如下: 我们借此机会,通过ggraph作图解析相关参数。详细注释代码和参数已上传QQ群文件!我做的图如下,有一点问题,但不影响我们对这...
之前我们在讲转录组系列的时候,说过差异基因的功能富集,用的是GO和KEGG分析。但是这远远不够,很多研究者更喜欢使用GSEA,全名是Gene Set Enrichment A...
1. 机器学习的训练集和验证集拆分 需要一个R包:caret 代码: library(caret) set.seed(12) #按照75%的比例拆分数据集,data为原始数据...
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导读 通路富集分析技术对于理解代谢组学数据背后的潜在生物学意义是非常有用的,它们的目的是根据代谢途径中所包含的先验知识,为受影响的代谢物提供上下游关系。然而,对广义代谢通路的...
鉴于前一段时间有小伙伴私聊 Immugent 说生信宝库是不是专门只写单细胞相关的推文呀,其实,这只是凑巧最近发的都是单细胞相关的。虽然近几年产生了大量的单细胞数据,但bul...
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中...