最近真的有点倒霉，骨折了，已经躺了好多天，所有的事情都暂停了下来。 可能这就是命运吧，让我老老实实呆在家中，哪里也去不了。 北京之行也直接中断了，好在已经把EigenGWAS...
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2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比较好
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一文看懂AlphaFold2&3输出结果的json文件内容2024年诺贝尔化学奖揭晓，一半授予大卫·贝克（David Baker），以表彰他在计算蛋白质设计领域的卓越贡献；另一半则由德米斯·哈萨比斯（Demis Hassabis）和...
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Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件写在前面 前天，在学位论文的完善中，有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2，包括两个亚家族，一个也叫AP2，另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...
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Alphafold2的conda版本的本地使用
由于xx原因，需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了两三天终于把alphafold2的conda本地版本给安装上了，主要是下载数据比较麻烦和费时间，总...
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学会perl或python，自己写代码修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
两种原因，ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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2020-02-11 “慢”谈遗传度 01如果不谈公式，什么是遗传度？ 从一个困扰的问题开始 是否你们也曾被这样一个问题困扰：找对象。找对象难、狗粮难咽已经成了当代年轻人，哦不，中年人时常挂在嘴边的话题。 不知道今年...
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‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
两种原因，ChIPseeker会出现如下报错 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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@苏点点 Power值是为了幂次运算后使数据复合幂律分布，而是否符合幂律分布是通过判断log10运算后的连通值与频数是否线性相关判定的，并用决定系数R2作为判断指标。注意，1，这个过程是充分不必要条件，某些情况下R2很高，但是逆运算后数据不符合幂律分布，例如y=ax+b，a=0；2，归回模型可能受到某个或几个权重点的干扰，使R2很高。所以，power为1时，R2=0.9应该谨慎看待，建议绘制Histogram of K条形图和log10(K) ~ log10(p(K))散点图观察power为1时数据的具体分布。
另外，对数据进行高幂次运算后可以使最初相关系数区分更加明显，从这个角度说power选为1也是不合适的。
针对你的数据来说，如果你用signed网络，power可以用20，如果用unsigned网络，power人为定义为9。WGCNA 挑选软阈值
我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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@youyi 不清楚
MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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参考常见问答6
WGCNA 挑选软阈值
我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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使用bed12格式
MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！写在前面 全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得...
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太厉害了
IGV-基因组浏览器-改造记录（四）
写在前面 前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
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IGV-基因组浏览器-改造记录（四）写在前面 前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。在上一次RNAfo...
