1.创建PBS脚本 #如何在linux下创建一个可运行shell脚本 #新建一个.sh文件 touch cellranger.count.sh #编辑test.sh文件 vi...
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Linux中如何判断一个软件是否安装？
出于各种原因，要判断实际需要的东西在哪个软件包里，需要有点儿小技巧。 可以使用which命令来查找相关的二进制程序是否在搜索路径中: 如果which没有找到要找的命令，那么可...
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Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一个强大的单细胞转录组数据分析工具，它引入了一个对单细胞进行排序的新方法（拟时序分析），通过利用不同细胞转录调控的异步过程，将它们沿着与生物过程（如细胞分化...
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ATAC-Seq 数据分析（上）背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态...
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Diffusion Map在单细胞中的应用单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...
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实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场
与上次翻车实验的不同： 过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时，低质量的细胞一定要清除掉，告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。 跳过了scanpy中的降噪步骤。...
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单细胞之轨迹分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...
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GWAS学习笔记（1）-何为GWAS一、何为GWAS？ GWAS（Genome-wide Association Study）是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型...
