前言 在各种RNA测序数据中，我们几乎都避不开差异表达基因（DEGs）的分析。我们可以用气泡图，提琴图和热图等展示不同细胞亚群或样本的差异基因表达情况，而火山图则是最直观的表...
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单组火山图和多组火山图展示差异表达基因（DEGs） 2023-10-12 -
对于多表型数据如何利用limma包进行差异基因分析
写在前面最近在做GSVA，做到我有点自闭，不是因为这个算法有多难，而是他所耗费的时间有点夸张。加上校园网这两天时不时“调皮”一下，做了两次，等了四天，最后都白白浪费了。其实后...
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maSigPro 处理时间序列转录组数据时间序列研究的是基因表达的动态行为，测量的是一系列和时间点之间有强烈相关性的过程。和针对某一时间点的基因表达进行差异分析不同，时间序列更加关注是发现基因表达的趋势，以有助于理...
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小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解04-rRNA去除数据预处理之后是rRNA去除，这一步骤是可选步骤。 使用Hisat2去除数据中的rRNA的原代码，抠出来看看： 一、rRNA序列下载 在之前的教程中，我使用的NCBI的rRN...
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RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
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13.时间序列数据分析
利用implut 时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95[https://www.jianshu.com/p/...
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4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to ...
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RNA-seq转录组差异分析及可视化关于RNAseq Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
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测序质量分析 —— FastQCFastQC是一款依赖Java环境的高通量序列数据的质量控制工具，目的是为高通量测序的原始序列数据提供一种简单的质量控制检查方法。它提供了一组模块化的分析，在后续分析前，快速...
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RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据 fastqc 这步...
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一文读懂FastQC Report前言：从今天开始就开始为拼装转录组做准备啦，今天听了技能树组织的生信人论坛，感觉很有意思。特此声明：本文所有代码及文件经通过本人亲自实践！绝对没有副作用！当然希望大家多提出宝...
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CentOS安装Docker并配置Ubuntu容器
安装Docker（略） 获取镜像docker pull ubuntu 启动容器docker run -it ubuntu /bin/bash启动容器以下命令使用 ubuntu...
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多变量孟德尔随机化MVMR孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[https://www.jianshu.com/p/8ac31267d3d8] TwoSampleMR：两样本孟德尔随机化[ht...
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TwoSampleMR：两样本孟德尔随机化孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[https://www.jianshu.com/p/8ac31267d3d8] 主要步骤：1. 读取暴露因素GWAS数据选取合适...
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【r<-ROC|包】分析与可视化ROC——plotROC、pROC在【r<-绘图|ROC】ROC的计算与绘制这篇文章中我讲了ROC曲线的本质以及如何计算和绘制ROC曲线。注意，我这里谈到的ROC并未曾涉及机器学习模型的拟合与预测，而是指存在...
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TCGA单基因或多基因表达ROC曲线在上一篇文章：单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示[https://www.jianshu.com/p/cda81685fe6f] 中，我们讲解了如何绘制单基因泛癌表达箱线图...
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用R语言进行连续型变量的网状meta分析--详细教程最近在后台有不少读者留言想要了解一下网状meta分析，而我恰好前两天帮一位医生朋友处理了一次连续型变量的网状meta分析，那么本文我将以其中的部分数据为例，向大家详细展示一下...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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[R语言]boxplot绘图经验总结箱线图是统计分析里面最为重要且基础的图形，利用R语言绘制箱线图是数据分析里必不可少的一环。这里我总结了面对不同情形时，绘制箱线图的经验。 这里只介绍利用基础绘图命令boxpl...