主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker -
TCGA及CRN数据库疾病缩写
TCGA数据库疾病缩写 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌BRC...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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R 报错：ERROR: failed to lock directory XXX 00LOCK
Error: install.packages failed to lock directory 在使用bioconductor安装一些包的时候，比如我安装GEOquery时...
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继续来看pheatmap那些有趣的事情刘小泽写于2020.5.18上次看了热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序 ，有朋友留言给出了其他的解决方法，非常感谢！文中会给出答案另外，这次还是带着数据，去看看pheat...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...
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单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
