为什么要学python？因为大数据时代来了，我不想当这个时代的文盲。 为什么称为“长程”，因为这课或许我会开设十年以上。 课程的分为两个模块 第一模块： 是为我的儿子...
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长程Python培训课程
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【linux】单行命令-第2部分：Bioinformatics one-liners
单行命令，化繁为简，重剑无锋，大巧不工。接下来学习生信实用单行命令。 基础awk和sed命令 sed: stream editor流编辑器 提取文件的2，4，5列： 输出文件...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来...
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MegaBlast—更快得定位目标序列
introduction 序列比对是生物信息中永不过时的一个话题，是任何想要入行的人都必须掌握的一项技能。把一段序列定位到一个基因组上，找到它的同源序列，更是其中的一个经典问...
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【不定期更新】Bedtools大全--42个子命令介绍参考链接： 用法大全: 官方说明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
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WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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比对软件（DNA or RNA序列）的区别
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 更多说明：https://zhuanlan.zhihu.com/p/451939113[https://zhuanla...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第1节 DNA测序技术前言 基因测序已是时下热门，目前除了华大基因之外，其他分布于全中国的大型测序平台（HiSeq X 10）还有约10个，每个每年大概能完成1.8万人的高深度全基因组测序，加起来...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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Meta genomics Covid review
Metagenomic analysis reveals oropharyngeal microbiota alterations in patients with COVI...
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SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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Samtools使用大全
一、简介 Samtools是一个用于操作sam和bam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 它从SAM（序列比对/映射）格式导入和导出，进行排序，合并和索引，并允许快速检...
