RNA-seq定量为人熟知的流程是先用STAR软件做比对生成bam，然后使用featureCounts等软件定量。不过，一直有一个疑问，为什么不直接使用STAR软件做基因...
IP属地：纽约州
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不错！STAR直接生成RNA-seq的基因定量结果 -
sam转bam文件报错
在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
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2022-03-16引物设计及在线验证你设计的引物是否有用？在做实验之前可以做一个电子PCRqPCR引物设计+在线验证 方法一：NCBI上-probe1.之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会...
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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自己编写的用于Bilibili的油猴脚本
最近高强度使用Bilibili网页版，为了使一些常用的操作更为便捷，于是写了一些油猴脚本。油猴脚本的具体使用方法见GreasyFork网站[https://greasyfor...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
