@今天能毕业了吗 把官方的primer-barcode 放到一起给lima 他会判断那种组合能拆出最多的序列
PacBio数据拆分之lima一、背 景 PacBio最新三代测序仪Sequel II芯片实现了更高通路，同时已经支持barcode测序，这样方便混合多个组织、处理、物种等样本。 那么如何从poolin...
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@今天能毕业了吗 目前 Seque II Seque IIe测序的不需要纠错了； LoRDEC用三代数据平行的二代数据合并（同一个三代样本，对应的二代有生物学重复）后纠错
PacBio长序列纠错软件之LoRDEC
三代数据中错误主要是随机错误和Indel，一方面可以通过CCS、Arrow等三代内部自纠错，另一方面也可借助二代高通量短序列进行进一步纠错。目前已经有几款工具，本文主要介绍L...
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>99% + 校正
全基因组甲基化分析简述
DNA甲基化是一种非常基础且重要的表观修饰，在调控基因表达、转录因子结合和抑制转座子元件中起到关键的作用。 目前，DNA甲基化检测的技术已经比较成熟，例如高通量的WGBS、R...
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下载链接仍然是 1.3 尚未更新
yasm/nasm not found or too old on linux
去到http://yasm.tortall.net/Download.html 找到最新的版本号记住 1. 输入wget http://www.tortall.net/pro...
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GATK FastaAlternate ReferenceMaker 只能做SNP的替换吧
通过VCF文件制作定制化的参考基因组
前言 最近做的项目要对reference genome基于突变进行一些modify，制作personalized genome或者说是psuedo-genome伪基因组。其实...
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为啥没用自带的meth ratio python脚本 计算甲基化率
DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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conda 安装R语言及其R包
00 缘起 最新的R 3.5 版本特别难安装，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式总是出错，R3.5的更新依赖太多，需要安装很多依赖...
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@砖头机的灵感 现在PacBio平台数据的准确性已经很准确了 基本不用二代校正， 校正的话用更新的软件吧
PacBio长序列纠错软件之LoRDEC
三代数据中错误主要是随机错误和Indel，一方面可以通过CCS、Arrow等三代内部自纠错，另一方面也可借助二代高通量短序列进行进一步纠错。目前已经有几款工具，本文主要介绍L...
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Intervene: BED文件的intersect和绘制韦恩图一、背景介绍 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和统计：Bedtolols inter...
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如何理解BAM文件的flags每次遇到BAM文件flag值都有一些困惑，时间越久越迷惑。在此，针对BAM文件中的flag信息进行梳理和解释： 记录于BAM文件的第2列，以bwa软件比对结果为例 可以使用s...
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转录组 体细胞突变检测呢 ？
GATK Best Practices — step4 转录组SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）
一、转录组SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）的介绍 GATK官网介绍：RNAseq short variant discovery (SNPs +...
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学习一下
你熟悉的GSEA GO KEGG的局限性在哪里？
2020年3月美国马里兰州巴尔的约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院动物实验替代中心（CAAT），德国 University of Konstanz发表了[Maertens A]...
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水印完美挡住
circos 可视化手册- heatmap 篇
heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中，是最常用的图表之一。在circos中，通过plot这个block进行设置。 用法如下： heatmap的数据和scatter...
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你好 诺禾致源的小伙伴
10X空间转录组Visium:基本概念
2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Coming soon...。流程打包Space Ranger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自...
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用python seaborn吧
ggplot画图-01
最近在准备文章出图，本人对ggplot使用不是很深入，仅总结一些个人的经验，希望对大家有所帮助。 先解释theme中的几个概念： vjust：控制标题（或标签）和绘图之间的垂...
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有个pipeline图就更好了
宏基因组数据分析流程代码
熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...