大家好，我是周运来，是一名单细胞的产品经理，我所承担的工作职责就是产品管理和项目管理工作。简单地说，我们是通过一个个项目来管理我们的业务，项目管理和业务思维是不可分割的一体两...
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PMBOK之旅|| 初识PMBOK -
跟着Cell学作图 | 双曲线火山图跟着Cell学作图 | 双曲线火山图 REFERENCESHarel M, Ortenberg R, Varanasi SK, et al. Proteomics of Me...
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单细胞分析中的NormalizeData()与ScaleData()区别在哪儿？今天又是入门单细胞分析的一天在单细胞分析当中，我们会用到两个函数：NormalizeData()和ScaleData()，这两个函数的区别到底在哪儿？它们到底对我们的单细胞数...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞数据处理工具，功能还是很强大的...
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解决了哈，😂😂
用Harmony整合单细胞数据并用LISI评估整合效果
harmony是一个非常流行的整合单细胞数据的算法，由于它的核心是用C++写的所以相比其他的类似算法快很多，如果单细胞样本量很大的时候推荐使用。 首先加载其文章中用到的一个示...
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拿到FPKM文件后该怎么转录组下游分析文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tum...
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@夜凉如水中 两个%＞%？我用了四个矩阵合并，然后报错， could not find function "%＞%",想请教一下😀😀
用Harmony整合单细胞数据并用LISI评估整合效果
harmony是一个非常流行的整合单细胞数据的算法，由于它的核心是用C++写的所以相比其他的类似算法快很多，如果单细胞样本量很大的时候推荐使用。 首先加载其文章中用到的一个示...
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exprs_raw <- list( './harmony/data/fiveprime_raw.rds', './harmony/data/threepv2_raw.rds', './harmony/data/threepv1_raw.rds' ) %>% lapply(readRDS) %>% purrr::reduce(Matrix::cbind2)
请问这段怎么理解啊，用Harmony整合单细胞数据并用LISI评估整合效果
harmony是一个非常流行的整合单细胞数据的算法，由于它的核心是用C++写的所以相比其他的类似算法快很多，如果单细胞样本量很大的时候推荐使用。 首先加载其文章中用到的一个示...
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单细胞转录组测序分析--初探Seurat单细胞转录组测序--闲言碎语 时代发展的步伐总是毫不留情的将你甩在身后，连车尾灯都看不见。当你还在沉迷于普通转录组数据挖掘时，已经有人悄悄的搞上单细胞了。单细胞转录组测序，顾...
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单细胞108篇文献解读之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment1 、天魁星 呼保义 宋江 Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment基于单细...
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「摸鱼快报009」可能是迄今为止最全的R语言学习手册了!big book of R摸鱼快报是一档致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目, 力求废话不多, 干货为王. 日常逛推, 发现有个关注了的大叔发了一个关于R的内容. 好奇点进去...
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Seurat Weekly NO.14 || 读源码解决实际问题
天子呼来不上船，自称臣是菜鸟团。 在这里，和国际同行一起学习单细胞数据分析。 我今天并没有敲满100行代码，以至于我在写这篇文章的时候都有点不好意思了。要读/写长代码的想法脑...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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10X单细胞测序分析软件:Cell ranger单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
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Seurat Weekly NO.12 ||205页的教程天子呼来不上船，自称臣是菜鸟团。 在这里，和国际同行一起学习单细胞数据分析。 Seurat V4 的教程页面做了全面的改进，用pkgdown构建了新的教程体系： 可以说是从其...
