通常来说,GEO和TCGA的基因表达数据和临床数据是分开的,为了合并这两个数据,这里使用R进行操作。 基因表达数据如下: 生存数据如下: 在R中读入上述两个数据,然后使用代码...
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通常来说,GEO和TCGA的基因表达数据和临床数据是分开的,为了合并这两个数据,这里使用R进行操作。 基因表达数据如下: 生存数据如下: 在R中读入上述两个数据,然后使用代码...
在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前,先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密:参考文章:TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容,我查看了前一篇文章里...
一、数据整理 1 导入数据 利用data.table包导入数据,以LUAD为例 2 选择感兴趣的临床信息 一般常规项包括submitter_id,vital_status,t...