在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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LD衰减图的理解与应用
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如何判断二代测序的来源平台
上传数据时发现一个有趣的问题，自己不知道数据来自于哪个illumina的哪个测序平台，所以整理下如何根据FASTQ的标识行分析测序数据的来源 FASTQ格式文件中每个read...
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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链特异性建库如何区分正负链？写在前面的废话 经过这两周意外的断更，我明白了一个道理，人都是具有惯性的…… 两周没写公众号，我似乎都习惯了懒惰，文章不想更了，笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑，一...
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如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R_补充部分（getSeq或BSgenome）
在上一篇中，本来说好的是“如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R”，结果却只说了提取拟南芥的情况。 这里我再补充下针对非模式物种。这里有两个策略，一个是构建对...
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BSgenome构建新的参考基因组
目标 BSgeome自己有很多构建好的基因组，但是对于非模物种来说，有时候我们需要自己构建基因组的信息。如何根据物种的参考基因组fa文件，构建新的BSgeome的R包，供后续...
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【基因组学】使用StringTie+gffread鉴定基因的新转录本写在前面 转录组通常被用来寻找差异基因，但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象，即新转录本的挖掘，这个时候就需要利用StringTie+gffrea...
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转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多个比对共享...
