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发简信
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读1：在线构建RAxML树 1. CIPRES网站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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Knock in 随实验进程增添内容Knock in 后期要用到KI技术，现在先敲入一个荧光练手 目标 细胞：HEK293细胞 基因：GAPDH基因 改为ActB（原因见下） 选择标记：mNeonGreen（原...
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【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行前面我们介绍过GO富集分析和结果可视化 1.GO和KEGG富集分析视频讲解[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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本地blast使用技巧之repeat mask
Introduction blast是目前使用最为广泛、接受度最高的一个序列比对软件。尤其适用于寻找两条序列之间最为相似的片段，以及对大型核酸或氨基酸序列数据库的检索。我们在...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
