plink是由哈佛大学开发的一个免费、开源的全基因组关联分析软件，功能非常强大。基础的文件格式转换、质量控制，到需要大量运算的群体分层分析、连锁不平衡计算、单体型构建等，都可...
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plink安装及基础用法 -
生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）
谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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phylosuite软件使用1.目的 使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。 2.使用 2.1导入数...
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多线程并行EasyCodeML - Branch-Site Model写在前面 节前，我临时收到钦佩已久的胡老师的微信语音，主要问及“EasyCodeML”这款软件能有批量运行。有关注Raindy（福建农林高芳銮老师）和生信札记的朋友应该知道。...
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适应性进化软件EasyCodeML使用1.软件下载 GitHub下载链接：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML[https://github.com/BioEasy/Easy...
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利用OGDRAW绘制叶绿体圈图＋Geneious长度的统计组装并注释完叶绿体基因组后，就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。 主要参考教程：叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程...
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线粒体基因注释以及环图生成2025-03-13应对缺失基因注释 部分类群的物种中会因为mitoz缺少参考注释基因而缺失。我们可以使用geneious进行相似度注释补救。 第一步 准备注释参考库 首先需要在NCBI下载可靠...
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细胞器基因注释软件简介（一）背景 二代测序技术（NGS）的快速发展促使各种有机体的高通量测序数据的累积，特别是细胞器基因组。因此，为了应对各种生物细胞器基因组的基因注释，需要用于功能基因注释的更优化的...
