生信分析媛，每天解决一个小问题，边记录边成长。精耕细作，细节见实力。
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@冻春卷 好的，谢谢师姐！
CRISPR-Cas9基因编辑--脱靶效应如何检测
前期文章： 我们用两篇文章的篇幅大概讲了一遍质粒骨架及其各个要素的介绍：解剖式学习一个质粒结构--update[https://www.jianshu.com/p/e6c58...
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春卷师姐，我看到很多文章会做gRNA的阴性对照，请问您知道如何设计阴性对照比较合理吗？
CRISPR-Cas9基因编辑--脱靶效应如何检测
前期文章： 我们用两篇文章的篇幅大概讲了一遍质粒骨架及其各个要素的介绍：解剖式学习一个质粒结构--update[https://www.jianshu.com/p/e6c58...
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@冻春卷 春卷老师，我的桑格测序是没问题的，是套峰，一条链缺失1个密码子，另一条链缺失3个密码子，蛋白WB显示敲除没有问题，但其他敲除细胞系敲除的是不同的外显子，也是单克隆，但是我用前面那株单克隆做了一个RNA-seq，发现疾病相关基因敲减了，但其他敲除细胞系就没有这个表型。 我想问的是敲除细胞系是需要很多株进行实验的吗？会出现特异性结果吗？？这样的细胞系是没有意义的吗？
CRISPR-Cas9基因编辑--脱靶效应如何检测
前期文章： 我们用两篇文章的篇幅大概讲了一遍质粒骨架及其各个要素的介绍：解剖式学习一个质粒结构--update[https://www.jianshu.com/p/e6c58...
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春卷老师，我想请问一下为什么要做核型分析？？我目前得到了敲除的细胞系，但是敲得不是很干净，我的抗体是一个多抗，没有好用的单抗，跟抗体有关嘛？ 还有我发现不同敲除细胞系表型不一致是什么导致的呢？辛苦您回答一下我的疑问，多谢！
CRISPR-Cas9基因编辑--脱靶效应如何检测
前期文章： 我们用两篇文章的篇幅大概讲了一遍质粒骨架及其各个要素的介绍：解剖式学习一个质粒结构--update[https://www.jianshu.com/p/e6c58...
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2021-11-08
标题格式： 注：# 和「一级标题」之间建议保留一个字符的空格，这是最标准的 Markdown 写法。 一级标题 二级标题 三级标题 四级标题 五级标题 六级标题 顺序文本 文...
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2021-11-08
你来了，秋 秋祭 最爱的是秋天，是金黄色银杏叶点缀的秋天。所有事物都很温柔，柔柔的微风拂过，暖暖的阳光照耀，永远那么令人心生暖意。但是满地落叶祭奠着秋日，有金黄的银杏叶，红彤...
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@冻春卷 多谢多谢多谢多谢
CRISPR-Cas9基因编辑7--测序验证敲除
前言： 使用挑单克隆技术得到多个单克隆细胞系后，就要开始验证敲除，除了蛋白表达水平的检测，最终还是要看测序结果。关于测序的方案也是各有不同，由于之前选用的是CRISPR-Ca...
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@冻春卷 可以告知货号嘛，谢谢啦
CRISPR-Cas9基因编辑7--测序验证敲除
前言： 使用挑单克隆技术得到多个单克隆细胞系后，就要开始验证敲除，除了蛋白表达水平的检测，最终还是要看测序结果。关于测序的方案也是各有不同，由于之前选用的是CRISPR-Ca...
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@冻春卷 非常感谢你能帮助我，我手动匹配两条序列，都匹配不上我的目的基因序列，准备连接T载体尝试了。我想请问你知道有什么试剂盒可以提取24孔或者更少细胞量的基因组提取试剂盒吗？
CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
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@科研搬砖小白菜请问你用的是什么提取基因组试剂盒啊？？
CRISPR-Cas9基因编辑7--测序验证敲除
前言： 使用挑单克隆技术得到多个单克隆细胞系后，就要开始验证敲除，除了蛋白表达水平的检测，最终还是要看测序结果。关于测序的方案也是各有不同，由于之前选用的是CRISPR-Ca...
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2021-02-28 流式入门学习学习视频参考B站up主：Johnson_Han 流式细胞术原理 流式原理 BD LSRFortessa → 流式结果图 模型 流式细胞仪的结构与抗原量化过程 鞘液和样本在fl...
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可教学（转录组测序、单细胞测序
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@冻春卷 我的是套峰，而且大部分是套三，只有一株是套二，请问为什么会出现套三呢？DNA不是两条链吗？
CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
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非常感谢你的回复，我分过一次，但是单克隆还是多峰，最近得到的一个细胞株显示是双峰，我怎么判定他是不是多倍体呢？😭 这个双峰的细胞，WB显示还是有一条很浅的带
CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
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因为无法做facs分选单克隆，我的有限稀释密度相对较大，因为之前分选阳性之后，按1/孔，分过，一块板才1-2个单克隆，所以按10/孔分的
CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
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春卷老师，其实我做的挺崩溃的。
首先我设计了6条sgRNA,因为我同时也在做knock in。挑选的单克隆提基因组测出来的PAM后的切割都是3峰，，要不就是不切割，我也重新再次分过单克隆，测出来的结果还是3峰，我找不到原因，但老板说等他们扩大，直接做WB验证。我验证之后这6条切割过的都显示KO细胞株有一条很浅的带。 最近我测到一株细胞PAM后是双峰的，这代表我之前所有的都不是单克隆嘛，可是我肉眼可见都是单克隆长起来的，我编辑的是小鼠成肌细胞C2C12。
我连过一次T载体，但是挑出来的结果有很多突变，与我提基因组测序又不同。所以就没有深究了，当时我用的是taq聚合酶。
我觉得自己做的意外太多了，而且发现根本不适合做实验，很多问题都没有考虑到，没有人指导实验，真的太悲哀了😭
老板让我往下做功能实验了，但是我都没有得到好的结果😭
对于那条很浅的带，首先我只有一个isoform，然后6条sgRNA针对啦不同的外显子，WB都显示有很浅的带，不完全敲除的情况，比对结果，我并没有看到我的wt序列啊。 这样的话，只能说我的不是单克隆，我是自己有限稀释的，平均10/孔。看起来真的都是单克隆啊。。如果真的不是单克隆的话，我好像又要从头来过了😭
对不起，给你打这么多字，因为没有师兄师姐，导师也不会指导如何做实验，这一年真的太艰难啦😭😭CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
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谢谢啦!发现自己做实验太不严谨了😭
CRISPR-Cas9基因编辑5--不可或缺的sgRNA活性预实验
前言： 大家都知道CRISPR-Cas9有脱靶效应，并且每个sgRNA的效率都不一样的，因此在做正式实验之前，我们要验证sgRNA的效率，之后优中选优。还是那句话，同样的目的...
