多谢老哥，解决燃眉之急了
花生壳https无法映射Rstudio-server的解决方案之前把服务器放在家里，通过花生壳软件进行内网穿透，采用http协议进行映射。后来由于一些原因，http协议不能使用了，只能使用https。这个时候花生壳软件映射Rstudio...
IP属地：浙江
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谢谢很好的教程，想问一下，最后得到的众多列表中，gene id并不是原本参考基因组注释文件中的对应id，是不是需要自己写脚本进行对应的替换？？？因为涉及到后续的差异基因功能富集、代谢通路富集等等
使用tophat2和cufflinks进行转录组分析
处理原始数据和参考基因组数据后，开始比对分析。将比对所需参考基因组的索引文件和基因组注释文件存放于hg19文件夹，并将sra文件解压至Fastq文件夹。主要步骤：1.用Tti...
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-cpu真的有用吗？为啥我跑了近200MB的蛋白序列，一直显示使用的200%cpu左右，没任何反应没任何输出
使用pfam-scan进行预测
一、 安装 使用conda安装Pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令安装： 数据库下...
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你好，我发现按照你的方法进行添加nt.fa后，注释掉那一行后，标准输出会输出类似于下面的提示，没有影响吗？？？
Use of uninitialized value $taxid in concatenation (.) or string at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 47, <> line 356889725.
Use of uninitialized value $taxid in pattern match (m//) at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 43, <> line 356889725.
Use of uninitialized value $taxid in concatenation (.) or string at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 47, <> line 356889725.
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Use of uninitialized value $taxid in pattern match (m//) at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 43, <> line 356889725.如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...
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想知道用什么软件，构建背景数据库需要哪些数据，或者是从哪里下载之类的
GO,KEGG,KOG注释后分类柱状图怎么画
如题，特别KEGG，在kaas注释以后，得到的是一系列KO号，网页版虽然有分类，但是也不能直接下载和统计分析，如何操作，大巴时间浪费在这种地方真的很烦躁，求大神之间，谢谢
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楼主，这个方式下载下来的文件是没有后缀名的貌似，是不是就是和SRA格式下载下来的文件一样？？？
Aspera Connect，高速下载sra数据
一、下载安装Aspera Connect Linux系统下的Aspera Connect安装（Windows下的Aspera Connect安装参考）。查看最新版本的Aspe...
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TEclass完全按照说明来的，test直接报错，即使README提高编译用的gcc4.9.2版本，我在虚拟机重新按照Ubuntu14，然后gcc安装到对于版本，依然出错，错误代码：
$perl TEclassTest.pl testfile.fa
Building .tmp files from .fa
1.Determining repeat orientation (forward vs. reverse)
First SVM classification:
- Making vectors ... done.
short forward_vs_reverse ... done.
medium forward_vs_reverse ... done.
xlong forward_vs_reverse ... done.
Second SVM classification:
- Making vectors ... done.
short forward_vs_reverse ... done.
medium forward_vs_reverse ... done.
xlong forward_vs_reverse ... done.
LVQ classification:
short forward_vs_reverse ... cannot open IN2 No such file or directory at TEclassTest.pl line 483.「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列
RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 使用方法 以拟南芥的参考基因组为例，假设基因组的名字...
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在线提交了一个，就4M的基因组，貌似也要很久，一直没收到邮件
【学习笔记】CRISPRCasFinder
阅读文献 Couvin D, Bernheim A, Toffanonioche C, et al. CRISPRCasFinder, an update of CRISRF...
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@了尘兰若 做实验做PCR的时候就应该知道引物是什么了吧
2019.7.9 训练基于Silva数据库的Qiime2特征分类器
材料： 1. Silva 132序列文件： 含有rep_set，taxonomy目录 2. 引物序列： Forward:GTACTCCTACGGGAGGCAGCARevers...
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同感，现在是什么都搜不到了，感觉简书是要那啥了吗？奇怪哦
简书是放弃搜索这一栏吗
先前我就说过，简书的搜索栏大有问题，其热门文章居然半年没有更新。 去年搜索栏还是正常的。你想搜含有什么内容的文章，都可以搜。 比如你刚来简书，搞不懂钻贝是怎么回事，想搜教程，...
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倒数第二步骤貌似非常慢，查看命令好像也不能设置线程数，默认就是一个线程在运行，真的有点难以忍受
2019.7.9 训练基于Silva数据库的Qiime2特征分类器
材料： 1. Silva 132序列文件： 含有rep_set，taxonomy目录 2. 引物序列： Forward:GTACTCCTACGGGAGGCAGCARevers...
