这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包:Scater。本文主要参考教程:单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...

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来自:Single-cell analysis toolkit for expression in R[https://bioconductor.org/packages/r...
两种输入方式 sys.stdin.readline( )会将标准输入全部获取,而input()不会获取字符串末尾的换行符。 如何对字符串表达式进行计算 eval() 函数用来...
The Workflow Description Language (WDL) is a way to specify data processing workflows w...
在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前,先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密:参考文章:TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容,我查看了前一篇文章里...
写在前面: 整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病,奇怪的是salmon比对后,mapping~15%(不正常),一般来说期望mapping应该是...
一、简介 limma应用于RNA-seq数据时,read counts被转换为log2-counts-per-million(logCPM)。可以有两种方式对均值-方差的关系...
01简介 OS,DSS,DFI,PFI分析 肿瘤突变负荷 微卫星不稳定性 肿瘤微环境 免疫细胞浸润 基因共表达 GSEA富集分析 研究内容 TCGA的33个癌症类型 工具 P...
1.读取第三部存储数据(基因差异表达情况) 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway analysis 做KEGG数据...