这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...
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单细胞测序分析之scater包学习笔记 -
R: scRNAseq scater分析单细胞转录组来自：Single-cell analysis toolkit for expression in R[https://bioconductor.org/packages/r...
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自己整理的Python的常用函数
两种输入方式 sys.stdin.readline( )会将标准输入全部获取,而input()不会获取字符串末尾的换行符。 如何对字符串表达式进行计算 eval() 函数用来...
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利用WDL语言书写数据处理流程The Workflow Description Language (WDL) is a way to specify data processing workflows w...
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TCGA的差异基因分析在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里...
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植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完写在前面： 整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是...
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老师，您好，我想问一下xena下载的log2(count+1)数据，除了自行逆转log外，有没有别的办法可以得到原始的count值呢
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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学习limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data一、简介 limma应用于RNA-seq数据时，read counts被转换为log2-counts-per-million（logCPM）。可以有两种方式对均值-方差的关系...
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想问下楼主，normalizeBetweenArrays不是针对芯片的标准化方法么？也可以对测序数据进行标准化么？
RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析
这个推文已经发布在生信技能树公众号： RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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我也是相同的疑问，请问你找到答案了么
FPKM数据下游分析
前面分享了FPKM数据该怎么分析？后来看了一下别人分享的例子，应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FPKM和RPKM都错了？简单小需求：如何将FPKM转换成TPM...
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GGLN ·有个疑问，limma包中的normalizeBetweenArrays函数是用来归一化芯片数据的，此处的测序数据FPKM转换为TPM之后的归一化也可以用吗？小白表示不太懂，望作者能够解答，感激不尽
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生信自学网泛癌单基因01简介 OS,DSS,DFI,PFI分析 肿瘤突变负荷 微卫星不稳定性 肿瘤微环境 免疫细胞浸润 基因共表达 GSEA富集分析 研究内容 TCGA的33个癌症类型 工具 P...
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R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO
1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况） 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway analysis 做KEGG数据...
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R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
一、读取文件，ID转换 1.读取文件 2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr()函数，bi...
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感谢楼主的分享，另外想问下在用gffread获取fasta文件时，有没有什么办法可以让序列全部输出为大写格式呢？
可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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感谢楼主的分享，另外想问下用gffread获取fasta文件时，有没有什么办法可以让序列全部输出为大写格式呢？
gffread - gtf/gff文件转fasta序列
今天有一个需求，就是要将gtf中的转录本转成fasta序列，一开始是想着用bedtools getfasta实现，awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools，但是结果...
