科研日记 - 简书

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Seurat读取Visum HD的segmentation结果
Seurat的beta version支持Space Ranger cell segmentation data的读取，首先安装R包seurat...

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记录运行scvelo过程中的报错
TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argum...

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Github 2FA验证
最近在登陆github的时候，总是跳出下面这个界面：强制要求2FA验证，否则上不了github。验证方式可以有以下几种：比较坑的一点是，gi...

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收集细胞注释marker（持续更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells":...

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pySCENIC下游可视化（python版本）
Python版SCENIC转录因子分析（四）一文就够了-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.ten...

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pySCENIC使用--代码纯享版
我这里的scRNA-seq前期是用scanpy做的，所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息导出来。接下来用pySCENIC进行转录...

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monocle2的使用
monocle2和monocle3的基本原理是一样的，详见monocle3系列之七：总结 - 简书 (jianshu.com)[https://...

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R包的安装方法都总结在这儿了！
在线安装 1）CRAN的包 R的官方包仓库（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的开源R包，使...

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monocle3系列之七：总结
monocle3系列之六：共调控基因模块 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/ca5028...

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