在使用Seurat时，经常需要对不同分类的样本在同一画布上进行可视化，可以非常方便地通过其DimPlot()函数的goupyby和spliby等参数实现，例如对照组和实验组，...
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单细胞/空间组利用scanpy实现Seurat的splitby分页绘图 -
记录运行scvelo过程中的报错TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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文本处理工具之grep
grep是一个文本搜索工具，可以通过正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来。我们直接通过实例来看看grep的用法。 aa是一个文件，包括4列，基因名，基因所在染色体，基因起...
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Github 2FA验证最近在登陆github的时候，总是跳出下面这个界面： 强制要求2FA验证，否则上不了github。验证方式可以有以下几种： 比较坑的一点是，github并没有提供中国区的短信...
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收集细胞注释marker（持续更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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scFEA结果解读（3）
scFEA（Single-cell Flux Estimation Analysis）是一种专门用于分析单细胞代谢网络的方法。它通过推断单细胞的代谢通量（fluxes）来揭示...
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pySCENIC下游可视化（python版本）
Python版SCENIC转录因子分析（四）一文就够了-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
