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scATAC-seq数据分析流程---以PBMC数据为例本教程中，我们将分析10x Genomics提供的人类外周血单核细胞（PBMC）单细胞ATAC测序数据集。本教程使用以下文件，均可在10x Ge...
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scATAC-seq数据分析流程
在本教程中，我们将分析由10x Genomics 官网提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。本指南中使用的以下文...
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空间转录组分析工具——Stereopy
Stereopy 是一个基础且全面的工具，用于基于空间转录组学数据（如 Stereo-seq，即空间增强分辨率组学测序数据）进行数据挖掘和可视化...
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“单细胞空间转录组”数据分析真的实现“单细胞”了吗？如果你关注过近两年的生命科学进展，一定听过“空间转录组”这个热词。这项技术被誉为继单细胞测序之后的又一革命性突破，被《Nature Method...
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将.h5ad转换成Seurat可识别格式
很多时候从数据库下载的处理过的各种单细胞数据格式都是.h5ad或者.h5。本篇内容就先给一个处理.h5ad文件的脚本。 读取文件，并查看文件包括...
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Stero_seq单细胞处理工具cellbin2使用
很久没有这么大体量的搞过数据了。最近在整理cellbin，真的整的我心累。 一般情况下是直接创建conda 环境，然后写一大堆模型和函数，你在这...
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安装一个jupyter所有环境可以共用
在base环境下安装 jupyter lab或者 notebook在创建的不同环境中使用ipykernel就可以了。 下面是一个例子：1、在ba...
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steropy安装使用
安装 安装jupyter lab 即可然后详细学习官网上的流程即可。
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在不同环境下使用trackpy
直接打开 moniconda 使用 conda install 安装了trackpy package。 那么我就是安装在了base环境下面。...