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在本教程中，我们将分析由10x Genomics 官网提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。本指南中使用的以下文件均可通过10x Genomi...

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Stereopy 是一个基础且全面的工具，用于基于空间转录组学数据（如 Stereo-seq，即空间增强分辨率组学测序数据）进行数据挖掘和可视化。这里将不断添加更多分析功能—...

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很多时候从数据库下载的处理过的各种单细胞数据格式都是.h5ad或者.h5。本篇内容就先给一个处理.h5ad文件的脚本。 读取文件，并查看文件包括的信息。从里面提取所需要的信息...

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很久没有这么大体量的搞过数据了。最近在整理cellbin，真的整的我心累。 一般情况下是直接创建conda 环境，然后写一大堆模型和函数，你在这个环境里面使用就行。这个cel...

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在base环境下安装 jupyter lab或者 notebook在创建的不同环境中使用ipykernel就可以了。 下面是一个例子：1、在base环境中安装jupyter ...

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安装 安装jupyter lab 即可然后详细学习官网上的流程即可。

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直接打开 moniconda 使用 conda install 安装了trackpy package。 那么我就是安装在了base环境下面。 想要成功加载trackpy ...

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嗯，很有必要整理一下这个软件遇到的很多问题。作为分析regulon的一个工具，SCENIC有两张版本，一个是R版本，一个是python版本。R版本安装简单，但是计算速度非常。...

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在Linux安装 pySCENIC，conda安装之后，显示安装成功了。但是pyscenic -h 的时候出错了。errors out after fresh install...

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最近生孩子了，所以休息了一段时间，最近感触很多，就想日常记录一下吧。小宝宝并不是意外，是我期待了很久的结果。怀孕期间心情一直很愉悦，也不存孕吐、反酸、妊娠纹的事情。孕早期怕宝...

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虽说是搞数据分析的，但是分析的数据五花八门，所以各种知识点都需要掌握。现在即将开启新方向，那么阅读相关文献不懂的时候，就需要开始查阅并掌握相关知识点啦。 HLA是Human ...

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@法瑞斯 我发你。

TCGA数据库下载后文件合并与转换

1、从TCGA上下载癌症相关数据到rawdata，下载一般用TCGA_gdc-client。以原始的Seq-count为例。 2、加入cart之后下载manifest.jso...

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@zzxzzx9841 嗯嗯 直接count

cellranger count使用

1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellranger m...

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@FOREST_9b89 我记得是一天多，如果崩了 那就是内存不够了。

单细胞转录组差异表达分析——DEsingle

上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。这一篇就来说说DEsingle这个包。1、安装先上包的官网链接https://github.com/miaozhun/DEs...

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搬运保存：如何理解数据差异的显著性检验 ？ - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/49467403] 数据差异的显著性检...

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@FOREST_9b89 哈哈哈哈 sorry, 我也不太记得了，但是如果崩了就不要用这个方法了，直接findmarkers吧。

单细胞转录组差异表达分析——DEsingle

上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。这一篇就来说说DEsingle这个包。1、安装先上包的官网链接https://github.com/miaozhun/DEs...

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之前就遇到过这个问题，不是很理解，终于找到了这个比较明白的解释。来源：(1条消息) TMB简介（肿瘤突变负荷 tumor mutation burden, 简称TMB）_高锦...