刘小泽写于2020.2.6最近再一次做起了转录组，但这一次需求有点小改变，需要自己定制一下，具体原因看本文吧。其中要特别表扬花花💏同学，帮了个大忙！ 问题由来 我们一般进行富...
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一个看似简单的需求——修改富集分析的dotplot图 -
请问p值要怎么获取呀？
单样本基因集富集分析 --- ssGSEA
1. 概述 单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，主要是针对单个...
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学习一下ChIPpeakAnno(一)刘小泽写于19.10.11跟着Bioconductor的教程学习一下ChIPpeakAnno的基本流程 前言 官网教程在：https://www.bioconductor.o...
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GSE83521/GSE89143去除批次效应老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的logFC都没有达到正负1的，最重要...
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CRISPR Cas9知识储备第一弹：简介做生物基础科研研究的同学肯定都听过CRISPR-Cas9 系统的大名，你对这独领风骚的系统了解多少呢？ 快来随我一起学习一下吧 小郭叨叨叨：最近将要开始使用CRISPR-Ca...
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2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）刘小泽写于19.6.8之前最开始学习IGV的时候写过两篇推文，当时简单做了了解，但有朋友说意犹未尽，嗯我也这么觉得，总觉得还是学的不够。推荐阅读：https://github...
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BAM/SAM文件格式的一些小知识BAM/SAM文件的一些小知识 前言 如果不是在陈老师这读博，然后开始折腾BAM/SAM文件，我估计这辈子都不会了解到这么多东西吧 SAM/BAM简介 See Wiki Se...
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单端测序与双末端测序问题
问题 Paired-End测序与Mate-Pair测序相对于单端测序有何优势？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥关系？它们是如何参与拼接和比对的呢？ M...
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Linux-ps命令学习
由于ps命令涉及的内容比较多一些，这里单独使用一篇文章来介绍使用。使用的系统是：CentOS 7.4.17.08。 ps命令是Process Status的缩写，用来列出...
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学习limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data一、简介 limma应用于RNA-seq数据时，read counts被转换为log2-counts-per-million（logCPM）。可以有两种方式对均值-方差的关系...
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学习小组Day7笔记--Sakura测序知识 怎么区分一二三代测序 一代测序（Sanger双脱氧终止反应法）目前一代测序在验证序列（就是平时送公司测序返回来自己blast的那些）以及验证基因组组装完整性方面都是...
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学习小组Day6笔记--Sakura学习R包 安装和加载R包 1.镜像设置https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw来自生信星球2.安装R包安装命令是in...
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学习小组Day5笔记--SakuraR语言数据结构 向量 1.标量和向量的区分 元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量使用时，一般都会...
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学习小组Day4笔记--SakuraR语言基础 安装R（基础）和Rstudio 必须保证电脑用户名为英文 R语言与Rstudio R语言的核心是解释计算机语言，其允许分支和循环以及使用函数的模块化编程。 R语言...
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学习小组Day2笔记--Sakura什么是linux，什么是服务器？ Linux，全称GNU/Linux，是一种相当于Windows和Mac的操作系统。Windows收费，不开源，主要用于日常办公，而linux...
