MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。MEME包含多个小工具，如 MEME、STREM...
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MEME 的安装和使用 -
预测motif的计算原理（extend motif）前言： 蛋白质中功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异性结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在于DNA序列结合时，其结合位点...
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科研必备 | 谷歌学术高级搜索详解对科研工作者来说，文献调研是一项几乎每天都要面对的事情，高效地进行文献调研是必备的能力之一。当接触一个新的领域时，搜索综述文章（Review）可以帮助我们对该领域有一个基础性...
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jupyter notebook 如何切换虚拟环境1.先在命令行中输入以下命令，创建虚拟环境： conda create -n imap python=3.6 2.激活刚刚创建的环境：conda activate imap ...
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最全指南】如何在 Jupyter Notebook 中切换/使用 conda 虚拟环境？
服务器上配置有多个 conda 虚拟环境，在使用jupyter notebook时需要使用其中的一个环境，但是其默认还是使用 base 环境。 我们该怎么切换环境呢。 Jup...
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conda的安装和卸载conda 的安装和卸载 针对 ubuntu20.04ubuntu20.04 是 “西柚云” 主要使用的操作系统 西柚云官网[https://www.xiyoucloud.n...
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bedtools shuffle -incl 参数
bedtools shuffle 参数中 -excl 和-incl参数 bedtools的具体使用可以在官网查询。但-excl和-incl参数可能没有讲明白 -incl参数的...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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python调用Linux系统命令心得
如果你的pycharm连接了服务器,那么完全可以利用python调用你的系统命令 os模块 关于这个模块有两个命令:system popen subprocess模块 这个模...
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从国家基因组科学数据中心（NGDC）下载原始测序数据最近在看拟南芥基因组组装相关的论文，想把论文中提到的原始测序数据下载下来，论文中数据获取的部分写道 The raw sequencing data for the PacBi...
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转录组学习三（数据质控）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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Linux系统下aspera的下载、安装和NCBI、EBI的数据下载上一篇介绍了sratools，但是因为其过于垃圾，所以就不推荐。换一个好用的aspera。 1.aspera下载先进入https://www.ibm.com/products...
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SRA数据(2)------SRA数据处理
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代...
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Augustus 基因从头预测
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AU...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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multiple whole genome alignment写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
