功能(GO)或者通路(Pathway)富集分析时，都会涉及到 Background; 做分析时，分析工具会提供一些数据供使用者选择或者使用自定义的gene list。 例如，...
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GO和Pathway富集分析的背景基因集
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Conda clean 净化Anaconda
conda 安装的包都在目录Anaconda/pkgs下。随着使用，conda 安装的包也越来越多；有时候会出现以下不好的情况： 有些包安装之后，从来没有使用过； 一些安装包...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安装
HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的，适用于unix操作系统。基于motif寻找的算法，HOMER 适...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤在基因组调控元件分析中，HOMER 可以用于发现新的motif。HOMER 通过比较两个序列集，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs# findMotifsGenome.pl: 在基因组区域中寻找富集Motifs HOMER 最初设计的目的用于ChIP-Seq peaks 中寻找富集motifs 。 #命...
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转录组入门(3)：了解fastq测序数据
转录组入门(3)：了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！作业，理解测序...